Registro que temos da ilha é de 1555, quando André Thevet, cosmógrafo da expedição de Villegaignon, descobre Paquetá em sua missão para fundar a França Antártica.Em 18 de dezembro de 1556, o Rei da França, Henri II, reconhece as descobertas de Thevet (que na realidade ocorreram em dezembro de 1555) e nessa data é hoje celebrado o aniversário de Paquetá.
Estácio de Sá vem ao Brasil com a missão de derrotar os franceses e colonizar as novas terras. Com a aliança dos índios Temiminós vence os inimigos, aliados aos Tamoios e em 1565 funda a cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro.Nesse mesmo ano e cumprindo sua missão colonizadora, a Ilha de Paquetá é doada por Estácio de Sá, sob a forma de duas sesmarias, a dois de seus companheiros de viagem. A parte norte, a Inácio de Bulhões (hoje chamada bairro do Campo pelos comunitários), e a parte sul (bairro da Ponte) a Fernão Valdez.
É nas terras da Fazenda São Roque que é erguida em 1697 a primeira capela da ilha, a Capela de São Roque, o padroeiro da ilha. Até então a comunidade tinha que atravessar a Baía de Guanabara até Magé para participar de seus cultos religiosos.Mas Paquetá, mesmo com a Capela de São Roque, ainda continua vinculada eclesiasticamente (e administrativamente) à Freguesia de Magé.
Em 1769, Paquetá foi desvinculada de Magé, gerando rivalidades internas na ilha quanto a qual seria a Matriz, São Roque ou Bom Jesus, e protestos eclesiásticos de Magé pelas perdas.
Paquetá não dispunha de fontes naturais e os moradores utilizavam-se de poços para seu abastecimento. O poço de São Roque era, certamente, o mais famoso, pela qualidade de suas águas e pelas suas lendas.
A iluminação das ruas, assim como o serviço de distribuição de eletricidade às residências, foi inaugurado em 1918 pela Rio-Light. A energia é proveniente da Ilha do Governador, através de cabos submarinos ligados a uma subestação na Praia da Guarda.
